للفطر أيضا أهمية بيئية :

فهو المفككان الأولية لجثث الحيوانات والنباتات الميتة في العديد من الأنظمة البيئية كما تظهر على سطوح الخبز القديم بشكل عفن.

بعض أنواع الفطور بدأ استخدامه فب بدايات القرن الماضي كمصدر أساسي للمضادات الحيوية مثل البنسيلين .